Khai sáng phái thiền này là tổ Cứu Sinh (1696 - 1733), pháp hiệu Như Trừng Lân Giác, người khi chưa xuất gia là phò mã Trịnh Thập - con rể vua Lê Hy Tông. Tương truyền, khi xây dựng dinh thự ở đây, ngài thấy xuất hiện một ngó sen nên cho rằng mình có duyên với Phật. Vì thế, ngài xuất gia và xây chùa thờ Phật, đặt tên chùa là chùa Liên Hoa, sau đổi là Liên Tông. Đến đời Nguyễn, do kiêng húy vua Thiệu Trị, chùa Liên Tông được đổi tên là chùa Liên Phái.
Chùa Liên Phái gồm nhiều hạng mục kiến trúc, trong đó chùa chính có kết cấu hình chữ “đinh”. Phía trước có một nếp nhà ngang nối với tiền đường bằng hệ thống vì kèo “vỏ cua”. Tòa tiền đường gồm năm gian, có bộ khung bằng gỗ với sáu vì kèo đỡ mái theo kiểu “chồng rường” và “quá giang cột trốn” chạm hoa văn tinh xảo. Thượng điện nối với gian giữa tiền đường bằng một nếp nhà dọc ba gian, được trang trí đề tài tứ linh, tứ quý. Nổi bật nhất là những cửa võng từ gian giữa tiền đường đến vì hậu của thượng điện được sơn son thếp vàng lộng lẫy.
Phía sau nhà Tổ là khu vườn tháp, trước kia có 30 ngọn tháp nhưng nay chỉ còn 7 tháp. Đáng chú ý nhất là tòa Cửu phẩm ở trước chùa, có kích thước tương đối lớn cùng những nét kiến trúc độc đáo. Phía sau chùa là ngôi tháp của tổ Cứu Sinh bằng đá xanh, hình tứ giác, cao 5 tầng, được chạm trổ các hoa văn mang nét đặc trưng của phong cách nghệ thuật thời hậu Lê. Trong lòng tháp có bài vị của tổ Cứu Sinh.
Trong chùa Liên Phái hiện còn lưu giữ nhiều di vật quý như: 22 tấm bia hậu Phật, một pho tượng Phật bằng đá, 22 câu đối gỗ, 10 hương án sơn son thếp vàng lộng lẫy, 16 bức hoành phi, 4 bức tranh gỗ, 2 cuốn thư; đặc biệt là pho tượng Nguyễn Đăng Giai - một danh thần triều Nguyễn, người có công xây dựng chùa Báo Ân cạnh hồ Hoàn Kiếm (dấu tích còn lại của ngôi chùa hiện là tháp Hòa Phong). Tượng Nguyễn Đăng Giai được đưa về thờ tại chùa Liên Phái khi chùa Báo Ân bị thực dân Pháp phá hủy để xây dựng nhà Bưu điện và dinh Thống sứ Bắc Kỳ (nhà khách Chính phủ bây giờ).
Với những giá trị độc đáo về kiến trúc, nghệ thuật điêu khắc, lịch sử Phật giáo, năm 1962, chùa Liên Phái được xếp hạng Di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia.
